Za vrijeme drugoga svjetskog rata većina muslimana pozitivno se odnosila prema hrvatskoj državnoj neovisnosti i uključenju cijele Bosne i Hercegovine u Nezavisnu Državu Hrvatsku. U pogledu sudjelovanja muslimana u ukupnoj državnoj strukturi NDH, više je bilo uključeno muslimana u vlasti NDH, nego, primjerice, nakon austrougarskog zaposjednuća Bosne i Hercegovine. U NDH je musliman bio stalno potpredsjednik Vlade i to doktor Osman, poslije i doktor Džafer beg Kulenović. Prvi je doglavnik bio Ademaga Mešić, a dva doglavna pomoćnika bili su profesor Hakija Hadžić i profesor Alija Šuljak. U vladi su bila i četiri muslimanska ministra: dr. Mehmed Alajbegović, ministar vanjskih poslova, te ministri Hilmija Bešlagić, dr. Meho Mehičić i Ismet efendi Muftić. Potpredsjenik Sabora bio je Ismet beg Gavran Kapetanović, potpredsjednik Hrvatske državne banke inženjer Junuz Mehmedagić, dok su diplomatski predstavnici države bili profesor Salih Baljić i profesor Hakija Hadžić.
Tu su zatim bili angažirani i visoki upravni službenici, povjerenici, stožernici i drugi dužnosnici kao što su Rasim Kršlak, Ragib Čapljić, Derviš Omerović, Hasan Čustović, Muhamed Hadžibaščaušević, Agim Ugljen, dr. Avdo Ferizbegović, Šefkija Balić, dr. Bahrija Kadrić, Hilmija Ljutić i mnogi drugi. Narodni zastupnici u Saboru bili su, osim spomenutih, još i Ismet Bektašević, Ferid beg Cerić, Bećir Džonlagić, Zuladija Hasanefendić, dr. Hivzija Gavran Kapetanović, Fetah Krupić, Mesud Kulenović, Muhamed Omerčić, Nezir Spahić, Hamdija Šahinpašić, Mujaga Tafro i drugi.
Pregled bi bio nedostatan, a da ne spomenemo i više vojne časnike u NDH, Hrvate islamske vjere, pri čemu je znakovito da je u karađorđevićevskoj vojsci samo jedan Hrvat uspio postati general i to Ivan Prpić, uz to imenovan na dužnost na posebnu Mačekovu zamolbu. Prvi muslimanski general u dvadesetom stoljeću, nakon Enver paše Halilbašića u turskoj carevini, bio je domobranski general Junuz Ajanović. Od pukovnika i dopukovnika izdvajaju se Muhamed Ridžanović, Šefket Hasandedić, Muhamed Sulejmanpašić, Sulejman Filipović i ostali. Imam poglavnikove tjelesne straže (PTS) bio je dopukovnik Muhamed Zelić, a od visokih vojnih dužnosnika u ustaškoj vojsci treba navesti još i dopukovnika Edhema Karikovića, te pukovnike Ćamila Krvavca i Mehu Salčića. Svi su ugradili svoje živote u temelje hrvatske države. Osim što su obnašali visoke dužnosti u redovitoj hrvatskoj vojsci, muslimanski časnici su bili i na čelu posebnih dragovoljačkih narodnih odreda: pukovnik Avdaga Hasić, pukovnik Sulejman Pačariz, pukovnik Ibrahim vitez Pirić Pjanić, bojnici Memišaga Đubur i Bećir Lokvić. Pukovnik Avdaga Hasić je kao zapovjednik 12. udarne divizije potkraj rata, iako nije imao školske vojničke naobrazbe, promaknut u generala.
Nakon 1945. godine, kada su progoni muslimana dosegli neviđeni stupanj okrutnosti, što je najbolje opisao Safet Jaskić u knjizi “Srbokomunistički zločin nad Bosnom,” većina Hrvata islamske vjere morala je prebjeći u emigraciju. Među emigrantima su se isticali dr. Džafer beg Kulenović, predsjednik hrvatske vlade u izbjeglištvu, profesor Hakija Hadžić, diplomirani inženjer Hilmija Bešlagić, diplomirani inženjer Hamid Hromalić, doktor Meho Mehičić, Hasan Čustović, diplomirani inženjer Nahid Kulenović, koga je mučki ubila UDBA 1969. godine, zatim doktor Muhamed Muftić, Enver Mehmedagić, pukovnik Ibrahim vitez Pirić Pjanić i ostali. Društvo bosansko hercegovačkih i sandžačkih Hrvata muslimana naklonjenih HSS-u tiskalo je u emigraciji svoju “Spomenicu” i objavljivalo časopis “Svijest” u kojem su surađivali, između inih, profesor Hazim Šatrić, Emin Batlak, Muhamed Krupić, Mujo Čolan, Alija Kuštrić, Muharem Ogrić, ferid salihović, Hadži Ismet Varatanović, Asim Lepić i Omer Zuhrić. Na Bliskom istoku djelovao je Sead Zupčević, objavljivan je i list “Hrvatska volja,” a širom svijeta utemeljeni su i Hrvatski islamski centri – Munchen, Chicago, Toronto, Melbourne. Nezaobilazna je u emigraciji i djelatnost doktora Asafa Durakovića, doktora Ferida Kahrimana, Ragiba Abdića, Kerima Reisa, Nijaza Batlaka – Daidže i drugih, a u Austriji u glavnome gradu Beču, pečat domoljubnih pregnuća, posebice iz oblasti nacionalnih odnosa i religije, nosio doktor Smail Balić, veoma aktivan pisac i istraživač. Ovome popisu treba dodati i imena muslimana iz plejade pisaca koji su se nacionalno osjećali Hrvatima islamske vjere. U tu skupinu spadaju Rizo Ramić, Mithad Begić, Hamdija Mulić, Ahmet Hromadžić, Enver Mehmedbašić, Alija Nametak, Salko Nazečić, Husnija Hrustanović, Alan Horić, Smail Balić, braća Alija i Hasan Šiljak, Husnija Čengić, Rasim Filipović, Enes Čengić, Fadil Hadžić.
Dragan Ilić